Энцефалоцел — полости, заключенные внутри головного мозга и стоящие в сообщения со спинномозговым каналом. Полости эти во взрослом состоянии представлены желудочками мозга и частями их соединяющими (Сильвиев водопровод), а в зародышевом состоянии представлены тремя эмбриональными пузырями. Подобно тому, как на спинном мозгу в эмбриональном состоянии замечаются перетяжки, или нейромеры, точно также и на головном мозгу замечаются подобные же перетяжки, или энцефаломеры. На передний пузырь приходится три таких перетяжки, на средний — 2, на задний—6 (1 на мозжечок и 5 на продолговатый мозг; Hill). Установить строгое соответствие между энцефаломерами и метамерией прочих органов головы до сих пор не удалось. Наименование энцефалоцеле в тератологии носит выпадение некоторой части мозга или его грыжа, но когда она достигает большого развития, то получает название — акзенцефалии (см.).