Протонотарий — первый или главный секретарь высшей судебной инстанции; в Константинопольском патриархате второе после патриарха лицо. В средние века протонотарий, входя в состав второй пентады (пятерицы), заведовал входящими и исходящими бумагами, относившимися к патриарху; по повелению патриарха писал указы всем патриаршим сановникам и другим властям, и докладывал ему дела, поступавшие от них, или от кого бы то ни было к патриарху; сверх того, Протонотарий два раза в год поверял образ действий законников (νομικός), действовавших от лица церкви или имевших иски в судах церковных, и обозревал разные церковные документы, чтобы убедиться в их целости, наличности и в их законности. При патриаршем служении Протонотарий стоял в алтаре для служения патриарху, перед возношением св. даров подавал ему воду для омовения рук и держал дикирий.

См. иеромонах Павел, "О должностях и учреждениях по церковному управлению в древней восточной церкви" (СПб., 1858) и "О чинах патриаршей константинопольской церкви в средние века" ("Православный Собеседник", 1868, ч. III).

Папские или апостолические Протонотарий составляют особую коллегию (протонотариат) из 12 выдающихся духовных сановников, которая ведает все относящиеся до церкви торжественные акты, в том числе процедуру канонизации святых, завещания кардиналов, и должна сопровождать папу вне Рима.